庆长十三年（1608年）五月，经过一年多的准备，秀保决定亲自率领使团前往顺天朝贡。此番进京，秀保准备的贡品甚是珍奇丰盛，据悉光是数量就足足超过彼年朝鲜最盛时的三倍之巨。不仅如此，秀保还精心准备了专供阁老重臣的礼物，其中尤以给老友邢玠的礼物最为贵重。

此时的邢玠虽在家丁忧守制，但已加封少保，在朝中威望不减，经过他的尽心周旋和此前数年的精心铺垫，加之内阁首辅朱赓的百般劝请，终于求得万历皇帝恩准，给予秀保一次独自觐见的殊荣。

之所以有此殊荣，其实与秀保连续四年进贡的黑匣不无关系。自万历二十九年（1601年）起，秀保都会不定期地在当年给明朝的进贡中添一黑漆描金楠木匣，独请内阁首辅、宫中内官检查安全无误后于次年腊月呈请万历皇帝查看（为此秀保没少给阁臣、宦官好处）。此匣做工巧妙精美，但内中仅有一折叠方正的纸条，每张纸条多则七字，少则四字：“泉州大震”“皇长孙由校生”“木邦失陷”“湖广、南直隶大水”，经查，皆为进贡次年所发生的之事，甚至连皇长孙的名字都预测的准确无误，这些都是秀保绞尽脑汁在记忆中搜寻到的明末大事。

万历皇帝对此甚是惊讶乃至惊恐，但因为不知秀保是何目的，前几年一直不动声色，直到第四次进贡，终于安耐不住提前打开黑匣，提前准备，将湖广、南直隶大水这场天灾降至最低。秀保了解到这个情况后方才请求觐见，阁臣也就顺水推舟，促成万历皇帝与他单独见面。

秀保本并不想暴露自己的身世，但念及关外建州女真日益强大，而明廷不以为意，遂不得已使出“黑匣”之策。自万历二十九年努尔哈建八旗制度以来，建州女真势力日渐强大，略地海西女真叶赫、乌拉等部，灭辉发，臣服蒙古内喀尔喀诸部（后者更尊其为神武皇帝），攻略野人女真大部，迫明辽东副将及抚顺所备御盟立碑，逐渐尾大不掉。

好在因为秀保穿越带来的历史变故，本该发生在两年前的李成梁放弃宽甸六堡之事，竟然延迟到了今年，且朝中对此争论颇大，万历皇帝一时无措。宽甸六堡迫近女真根据地，扼守了女真拓展的出口，是明朝辽东藩篱，防卫之前卫，意义重大。但李成梁以其孤堡难守为由，与督抚蹇达、赵楫奏请放弃。秀保本想等萨尔浒之战时再行进京，但得知此消息后，认为与其任由其壮大，不如尽早扼杀，遂决定不可再拖，看准今年十月努尔哈赤将率众进京朝贡，提前准备朝贡事宜，争取一次性解决此事。

秀保此番进京准备充分，除去藤堂高虎留守日本外，岛清兴和那须资吉等重臣皆随行，嫡子丰臣秀满也和菊姬一道同行，不仅如此，他还安排了不少上忍乔装随护，避免计划横生变故。

当年六月，在万历皇帝的特殊关照下，秀保得以直接在天津登陆，经陆路前往京师。时隔十三年再次踏上这片土地，秀保百感交集，虽说没有了高楼大厦、飞机高铁，但眼前这座天朝首善之地仍是当时最为繁华富庶的城市。望着街上熙熙攘攘的人群，鳞次栉比的店铺，谁能想到，仅仅三十多年后，这里将因为大明、大顺、大清三个王朝的风云变化而残破不堪呢？

在礼部主客司的安排下，秀保一行在会同馆住了下来，知道秀保要接受万历皇帝的单独接见，这些官员们自是不敢怠慢，但凡有所需要，皆尽力满足。

按照礼法，各国贡使携带表文、贡物至京，多是在礼部大堂设案举行呈表纳贡仪式，使臣对案行三跪九叩礼，礼成后礼部将表文送给内阁转呈皇帝，贡物存在衙内。难得赶上大朝、常朝，贡使则可以随朝臣一起觐见，否则便是由皇帝决定是否召见，若皇帝特示优待，使臣还可以进入大殿接受赐坐赐茶，翌日使臣到午门谢恩后返国。

秀保显然属于后者，且不同于其他使臣在皇极殿接受召见，秀保则是被安排在了武英殿。

六月十六日，清晨六时，秀保着御赐冠服随内臣进入大内，在武英殿等候些许后，万历皇帝，这位时年四十五岁的大明天子，由于身材肥胖且有足疾，遂在宦官搀扶下缓缓入室坐定，随后便屏去左右，独留秀保于室内密谈。

谈话的内容后世不得而知，但据守在门外的太监所说，两人从清晨一直谈到深夜，万历在室内时而怒骂，时而拍案，时而叹息，众人几次想进入屋内，都被他骂了出去，这场面别说这些小太监，就连那些年过花甲的阁臣都没有见过。